Z problemem sobie poradziłem.Wystarczyło dać apply location, rotation w blenderze:). Mam następne pytanie. Gdy robię w blenderze jakiś złożony obiekt,eksportuje go w częściach. Wszystkie obiekty łącze już w unity w jeden za pomocą emptyObject, ale w animacjach po eksporcie robi się niezły bajzel, ponieważ pojedynczy obiekt ma przypisane animacje innych obiektów. Czy da się jakoś tego pozbyć? Czy po prostu, żeby tego nie było wszystkie części muszę w oddzielnych plikach w blenderze animować?