No to tak:

Cy jeżeli chcemy by w grze którą robimy naciskając na obiekt coś się robiło to czy ten obiekt musi być oddzielnie zapisany niż reszta czy może być z innymi i potem podczas programowania się będzie trzeba jakoś to niego dobrać? Czy może w ogóle każdy obiekt zapisujemy jako oddzielny plik ?

A teraz 2 pytanie:

jak można modelować obiekty stworzone w 3ds maxie 2009 (nie chodzi mi tu o powiększenie czy zmniejszenie obiektu ale o zmienianiu jego kształtów)

Widzę, że jesteś tak początkujący, iż nawet jeszcze tutoriali nie zdążyłęś przejrzeć...

Ad1: pewnie zalezy od silnika gry

ad2: zacznij od wcisniecia F1, pozniej idzie z gorki

Wiem że jestem początkujący ale chciałbym tylko usłyszeć odpowiedzi "tak" lub "nie" ponieważ chcę sprawdzić czy idę w dobrą stronę

Miriach ci odpowiedział na pierwsze. Na drugie ciężko odpowiedzieć tak lub nie. Można inaczej modelować (na tym polega modelowanie), ale jak, to już znajdziesz np. w dokumentacji. Nie zadawaj o to więcej pytań, bo nic z tego nie wyjdzie.