Witaj.
Na początek ogólna uwaga: nie przejmuj się aż tak poleceniami tutoriala. Ważne jest, by uzyskać odpowiedni efekt a nie by ślepo powtarzać kolejne polecenia. Sam przechodziłem przez kaczkę więc wiem jak to było :)
A teraz co do twojego problemu. Rzeczywiście zarówno kadłub kaczki jak i jej głowa zostały zduplikowane ( bliźniaki? ;) ). Zajmuja niemal to samo miejsce w przestrzeni i dlatego sam nie wiesz, który właśnie wybrałeś. Nie wiem dlaczego, ale zdarza się to czasami w przypadku wersji 3.0 Rhino, nawet po "zupgradeowaniu" do SR5, zwłaszcza po operacjach split, cut i boolean. W wersji 2.0 takie cuda mi się ni ezdarzały, no ale mamy postęp... W każdym razie zamiast wpadać w depresję po prostu skasuj niepotrzebne powierzchnie i ciesz się kaczuszką.