1. Nie jestem pewien, czy dobrze rozumiem oczym piszesz... Próbowałeś skalowania alt+S (shrink/flaten along normal)? Zwykłe skalowanie (S) działa po wektorze [środek transformacji, środek elementu].
2. Tajemnicza funkcja ukryta pod ikonką z trzema punktami (na Twoim drugim zrzucie ekranu) , jak sama nazwa wskazuje, działa wyłącznie w Object Mode. Zakradł się tu mały błąd, bo "object" powinno być w tym kontekście wielka literą.
Zrób sobie parę kubików rozrzuconych w przestrzeni, zaznacz wszystko i przy aktywowanej tajemnej funkcji spróbuj przeskalować albo obrócić cału układ.