Chamfery to sie robi na oddzielnym modyfikatorze (dodając editable poly) i tylko na nim robiąc, tak zeby moc ten modyfikator spokojnie skasować w razie jakiegoś psikusa.
A co do problemu, sprawdź czy wszystkie polygony są odwrócone do siebie normalnie, wyłącz "2-sided" w opcjach viewportu i włącz dla obiektu "backface cull" (oczywiście jesli to zmieniałeś) i zobacz czy zadem polygon nie jest przeźroczysty ze strony od strony maski.