Bo nawet jak złączysz, to dalej to jest oddzielne, tzn. jest jeden obiekt ale w tym są dwie oddzielne ciała. Musiałbyś skasować ścianki w miejscu gdzie boxy się stykają, następnie Weld - złączyć ze sobą wierzchołki obiektów. (np. Target Weld w editable poly).
Albo extrude, jak w tutorialu, wtedy nie musisz nic łączyć.
Przerób jakieś tutoriale dla początkujących (dowolny model, byle był poly modelling), wtedy trochę lepiej zrozumiesz.