Najłatwiej byłoby Ci wszystkie zatachować a potem użyć drugiego UV chanelu.
Robisz tak, łączysz wszystko w jeden obiekt, nakładasz uvw zapisujesz mapowanie, zmieniasz uv chanel na 2 wczytujesz mapowanie, i teraz dowolnie możesz przestawiać uv`ki. Pomoże Ci też ta opcja w edytorze pokazywania uv`ek wg. id materiału.
Poprzestawiasz sobie uv`ki i w render to texture pamiętaj żeby zmienić uv chanel na drugi.
Jak coś pokręciłem to sorki ;) ja ostatnio się tego tricku nauczyłem.
Pozdro