Czy każdą selekcję robisz osobnym modyfikatorem, czy działasz na tych samych?
Jeżeli na tych samych to się nie ma co dziwić.
W stack edytorze powinno to wyglądać mniej więcej tak
------symulacja grafki ;)-------
uvwmap
meshselect (ten o ID3)
uvwmap (zrobią ci się ładne kwadraciki przy nazwach, oznacza to, że działasz na polygonach)
meshselect (ten o ID2)
edit poly
---------
Napisy w nawiasam to mój opis do modyfikatora.
mam nadzieję, że pomoże jak nie to jest jeszcze inne wyjście.
po nałożeniu uvwmap na danych polygonach o okreslonym ID zrób kolaps do poly i powtórz dla kolejnego ID.
Ta metoda działa 100% i nie będzie problemów z dużym stackiem:D